Pärnu EKE Projekt tegutseb alates 01.04.1992 endise Projekteerimisinstituudi EKE Projekt Pärnu osakonna järglasena.
Aktsionäride 16.12.2022.a. otsusega on aktsiaselts ümber kujundatud osaühinguks. Ühingu ümberkujundamine osaühinguks on kantud äriregistrisse 02.03.2023